Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku  jest zobowiązany do zapewnienia adekwatnej, skutecznej i efektywnej kontroli zarządczej w kierowanej jednostce. Zgodnie z art. 68 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009r o finansach publicznych, kontrolę zarządczą w jednostkach sektora finansów publicznych stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy.

Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności:

• zgodności działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi;
• skuteczności i efektywności działania;
• wiarygodności sprawozdań;
• ochrony zasobów;
• przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania;
• efektywności i skuteczności przepływu informacji;
• zarządzania ryzykiem.