Z dniem 1 stycznia 2016 r. uległa zmianie podstawowa zasada określania właściwości organów podatkowych w zakresie podatku VAT. Według przepisów obowiązujących do końca 2015 r. właściwość organów podatkowych, co do zasady określa się ze względu na miejsce wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu. Tylko w przypadku, gdy czynności te wykonywane są na terytorium objętym zakresem działania dwóch lub więcej urzędów skarbowych, właściwym organem jest naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na siedzibę lub miejsce zamieszkania. W związku ze zmianą art. 3 ustawy o podatku od towarów i usług (wprowadzoną ustawą z dnia 10 września 2015 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw - Dz. U. poz. 1649), właściwość organów podatkowych będzie co do zasady ustalana na ogólnych zasadach wynikających z Ordynacji podatkowej, tj. ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnik jest osobą prawną lub jednostką niemającą osobowości prawnej oraz ze względu na miejsce zamieszkania, jeżeli podatnik jest osobą fizyczną.

Zmianą od 1 stycznia 2016 r. objęci zostaną tzw. krajowi podatnicy, którzy w stanie prawnym obowiązującym do końca 2015 r. rozliczali podatek VAT w urzędzie skarbowym innym niż urząd skarbowy właściwy ze względu na adres siedziby lub ze względu na miejsce zamieszkania.

Zmiana właściwości organu podatkowego następuje z urzędu. W związku z tą zmianą podatnicy nie mają obowiązku składania aktualizacji zgłoszenia VAT-R.
Od 1 stycznia 2016 r. deklaracje, informacje podsumowujące oraz korekty tych dokumentów za okresy rozliczeniowe upływające przed tą datą, w tym za ostatni okres rozliczeniowy 2015 r., składa się do urzędu skarbowego właściwego po zmianie (art.18a Ordynacji podatkowej).